eCTD系統通常要求提交的文件為特定格式，如PDF/A格式的PDF文件，以確保文件在不同系統和平臺上的一致性和可讀性。
eCTD系統支持多種藥品申報類型，包括新藥申請（NDA）、仿制藥申請（ANDA）、生物制品許可申請（BLA）、研究性新藥申請（IND）和藥品主文件（DMF）等。
eCTD系統能夠兼容不同國家和地區的監管要求，例如支持中國、美國、歐盟等多國的電子申報標準，確保申報資料的合規性與完整性。
eCTD系統的技術架構設計使其能夠適應不同的信息技術環境，包括文檔生成、數據驗證、文件傳輸和接收端處理等環節，確保系統的穩定性和兼容性。
市場上存在多款eCTD生成和驗證工具，如Lorenz、Extedo等，這些工具可以幫助企業自動生成符合標準的eCTD文件，并進行預驗證以檢測潛在問題。
eCTD系統能夠快速兼容全球最新的監管法規變化，支持未來標準如eCTD4.0，確保系統的持續合規性和兼容性。
eCTD電子提交系統的兼容性體現在對多種文件格式、申報類型、區域要求、技術架構、工具軟件以及版本更新的支持上，確保了藥品注冊申報在全球范圍內的標準化和規范化。
